Geboren in Aarau; begann mit elf Jahren autodidaktisch mit dem Trompetenspiel. Mit fünfzehn Jahren Preisträger beim Schweizerischen Jugendmusikwettbewerb. Besuch des Gymnasiums an der Klosterschule Einsiedeln. Nebenbei Trompetenunterricht bei Max Sommerhalder in Zürich.
Nach der Ausbildung zum Primarlehrer am Lehrerseminar St. Michael in Zug und dreijähriger Unterrichtspraxis folgte das Trompetenstudium in Basel bei Peter Knodt und Andreas Spörri (Lehrdiplom). Intensive Auseinandersetzung mit der Blastechnik des deutschen Trompeters Malte Burba (Musikhochschule Mainz).
Gleichzeitig arbeitete Matthias Merki an den Musikschulen Rheinfelden / Kaiseraugst und Windisch während fünf Jahren. Es folgte ein 2 ½ jähriger USA-Aufenthalt in Tempe (Arizona). Studium bei Regents’ Professor David R. Hickman an der Arizona State University (ASU), wo er sich den Master’s degree in trumpet performance erwarb.
Für den Vortrag der Tessarini-Sonate in D erhielt er von der Arizona State University einen "outstanding Brass jury award" zugesprochen. Seine besondere Vorliebe gilt der barocken Konzert-Literatur und der Piccolo-Trompete. Nach seiner Rückkehr aus den USA absolvierte er ein Zusatzstudium für Englischunterricht an der Fachhochschule Aargau (FHA) mit der Lehrberechtigung für Englisch an der Oberstufe.
Weiterführende Studien bei den amerikanischen Trompetern Jerome Callet (Staten Island, New York) and Robert Bahb Civiletti (Stanhope, New Jersey).
Zur Zeit unterrichtet Matthias Merki am Gymnasium Unterstrass (Zürich) sowie an der Musikschule Baden.